Parachuté dans les Alpilles avec Hervé Montjarret et Raymond Fassin, Moulin ("Rex") revint de Londres, dans la nuit du 1er au 2 janvier 1942, nommé délégué du Comité National Français en Zone sud et son représentant personnel par de Gaulle, avec pour mission d'unifier la Résistance autour de lui ; mission difficile du fait de l'hostilité de chefs de mouvements (d'Astier, Frenay…) jaloux de leur indépendance.
S'installant rapidement à Lyon, Moulin va multiplier les rencontres avec les responsables de mouvements (d'Astier, Avinin, Lévy…) et entreprendre la constitution d'organismes communs : Bureau d'information et de presse (Bidault), Service radio (Montjarret), Service des opérations aériennes et maritimes (Fassin), Comité Général d'Études (de Menthon), Noyautage des administrations publiques (Plaisantin, Bourdet), Service financier, Mouvement Ouvrier Français (Morandat)…
A la mi-juillet 1942 Jean Moulin va recevoir le précieux renfort de Daniel Cordier, parachuté depuis Londres et qui va devenir son fidèle secrétaire, installant à Lyon un véritable secrétariat de la Délégation générale. Pour autant, les réticences des mouvements à se coordonner avec les Partis politiques et les syndicats clandestins, et les manœuvres à son encontre vont nécessiter du 13 février au 23 mars 1943 un second séjour à Londres de Jean Moulin, accompagné du général Delestraint (Vidal, Mars), qui allait être nommé à la tête de l'Armée Secrète, unifiant les structures armées de mouvements de zone sud.
Quant à Jean Moulin (désormais "Max"), il revenait fait Compagnon de la Libération, membre du Comité National Français (rang de ministre), seul représentant de de Gaulle en France, nommé Président du futur Conseil de la Résistance à créer au plus tôt.
Le 30 mars, accompagné de Daniel Cordier et du secrétariat, Jean Moulin arrivait à Paris. Surmontant d'ultimes réticences, il obtenait début mai l'accord des huit mouvements, six partis politiques et deux centrales syndicales pressentis. Le 27 mai se réunissait à Paris le C.N.R.
Hélas, au succès allait succéder le drame : alors qu'il allait participer le 21 juin à Caluire, près de Lyon à une réunion pour désigner le successeur du général Delestraint arrêté le 9 juin, Jean Moulin, victime d'une trahison, y tombait dans les mains de la Gestapo.
Le 8 juillet 1943, déporté en Allemagne, il mourrait en gare de Metz des suites des tortures endurées sans avoir parlé.